房地合一課徵所得稅稅課收入的受配機關，分別為內政部及衛生福利部。但房地合一稅上路以來，其稅收全數用於長照基金。
因此財政部將修法明定房地合一稅收「任一用途之獲配金額，不得低於餘額10％」。 由行政院視個別用途業務需求及財務狀況統籌調配。
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